使用心态不科学。微生物制剂常常被定位为保健产品。事实上，当水质或是鱼虾的健康状况恶化时，使用微生物制剂往往适得其反。尤其是大量使用类似活菌酵素或是以糊精、米糠麸、黄豆粕和黄豆粉为载体的微生物制剂，会因为投放的载体分解，造成水体负担，加速水质恶化。相较于传统的水质操作方式，使用微生物制剂被认为是较为先进的水质管理模式，往往被寄予高标准的成果检验。当没达到预想效果时，大多数养殖户会放弃使用微生物制剂，而不追究具体缘由。

价格相对较高。近年来大众水产品售价和以前相比，有所下降，养殖成本却没有相应降低，使用“高”价的微生物制剂令养殖户望而却步。其实，使用微生物制剂能节省水电费用、减少药物量、提高饲料效应、缩短养殖期限、减少管理操作的人力付出。

产品质量差强人意。一般微生物制剂分为液态、固态（粉状）两大类，其中大部分内含的微生物种类有限，但所标榜的效用却比较杂乱，标示的使用方法也不简单可操作。

其实微生物制剂的正确使用好处多多，不仅能改善养殖管理方式，而且能得到较高的养殖效益。然而目前，养殖者对微生物制剂产品仍存在许多误区，为方便养殖户选择和使用，现介绍几点：

(1)几乎没有硝化菌的产品。严格说来，硝化菌是指一群特殊的细菌（Nitrosomonas和Nitrobacter一类的细菌），具有分解和利用氨氮化合物的能力，虽然在自然水域中普遍存在，但生长分裂所需时间相当长，制成商品后的保存时间短，所以在水产养殖的微生物制剂中并不常见。

(2)光合（活）菌没有干燥粉状的商品。以现今的菌种保存技术水平，干燥保存光合细菌相当困难。经过冷冻干燥后，光合细菌的存活率偏低，不适合制成商品。光合菌目前应该以红色、砖红色到红棕色的液态产制品存在。若是添加其它物品则会呈绿色、蓝色或完全澄清的液态。至于干粉式的光合菌产品，可以确定的是名不副实。

(3)微生物制剂中的载体常会成为水质的负担。这就要求把握好微生物制剂的使用量，正确的做法是应该从了解制剂产品本身的微生物特性、种类和含量做起，综合考虑。

干粉式制剂中常用的载体为米糠麸、黄豆粉、黄豆粕或是糊精一类的物质，大量添加使用会对水质产生优养的情况。在鱼虾幼生期可提供给小生命营养，相对的有较佳的生长速度，但是到了养殖后期，却容易造成水质恶化而产生养殖管理上的困扰。

(4)微生物制剂的质量也有相当大的差异，除了单位产品和单位金额中所包含的菌数（量）之外，还要考虑到保存期间所损耗的细菌数。目前，没有可信的检验机构参与把关工作，现场人员的辨识更不现实。

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